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引起宝宝便秘的原因有很多，概括起来主要可分为两大类，一类为肠管肛门器质性病变、肠管功能紊乱引起的便秘，通常须由外科手术矫治；一类属食物性、习惯性便秘，绝大多数的婴幼儿便秘都由后者引起。
宝宝便秘的可能原因有：
1.肠管肛门器质性病变：肛门直肠畸形（闭锁或狭窄）；肛裂；肠梗阻、肠套叠等；
2.肠管功能紊乱：先天性巨结肠；各种慢性疾病引起的生活能力低下；肌肉神经疾病；脊髓病变等；
3.食物性：食物摄入不足；食物结构不均衡，乳母和宝宝食物中蛋白质含量多，精细食物多，纤维素及水分不足；
4.习惯性：生活不规律排便习惯未养成；环境改变导致生活习惯的突然改变；长期抑制便意；长期滥用泻剂或灌肠；